Использование OSX 10.11 и R 3.3.0 Я получаю эту ошибку, используя GEOQuery пакет:Ошибка загрузки файла с GPL getGEO
library(GEOquery)
GSE56045 <- getGEO("GSE56045")
Он загружает GSE файл, но не GPL:
Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) :
cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full'
It похоже, что файл GPL был перенаправлен, а метод загрузки, автоматически заданный в GEOquery, не выполняет перенаправление: setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
Мне удалось заставить его работать, запустив его в R: options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl') Кроме того, мне пришлось удалить старый загруженный файл GPL - это было просто сообщение о перенаправлении. Легче просто установить каталог загрузки вместо поиска временного файла, используя команду destdir = для команды getGEO.