Установка Bioconductor highthroughputassays рабочий процесс дает RGL ошибок и не загружать

Question

При попытке установить Bioconductor рабочего процесса «highthroughputassays» следующим образом (и как described here):

> source("http://bioconductor.org/workflows.R") 
> workflowInstall("highthroughputassays") 

Он устанавливает много зависимых пакетов, но только перед окончанием установки возникают следующие ошибки:

No man pages found in package ‘highthroughputassays’ 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details: 
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error: unable to load shared object '/Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/rgl/libs/rgl.so': 
dlopen(/Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libGLU.1.dylib 
Referenced from: /Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/rgl/libs/rgl.so 
Reason: image not found 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/highthroughputassays’ 
Warning in install.packages : 
installation of package ‘highthroughputassays’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
‘/private/var/folders/hb/sc3x6vtj0ys009qnyplbp2_h1g5hgm/T/RtmpDkWkRH/downloaded_packages’ 

Из-за этих ошибок рабочий процесс не загружается;

library(flowStats) 

дает аналогичную ошибку после установки пакетов, как описано выше.

Я пробовал на 3 разных компьютерах Mac (все с новейшей OS X, но один из них имел версию R (Новейшая версия 3.3.2) 3.3.1)

При попытке library(rgl) Я получаю следующее сообщение об ошибке:

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details: 
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
error: unable to load shared object '/Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/rgl/libs/rgl.so': 
dlopen(/Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/rgl/libs/rgl.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libGLU.1.dylib 
Referenced from: /Users/johansenkh/Library/R/3.3/library/rgl/libs/rgl.so 
Reason: image not found 
Error: package or namespace load failed for ‘rgl’ 

Answer 1

Я решил эту проблему следующим образом:

проблема была с загрузкой «RGL».

Установив XQUARTZ (www.XQUARTZ.com), за которым следует перезагрузка OS X (выйдите из системы и войдите в систему), обработанный rgl-пакет. После этого рабочий процесс устанавливается, как указано выше.