как найти максимальное к-Мер в последовательности

Question

Пример ввода:

ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT # это последовательность, в которой мы должны искать

4 # this is the k-mer(integer value) 

Пример вывода:

CATG GCAT

Я не понимаю, как это сделать. Пожалуйста, помогите мне. Заранее спасибо.

Answer 1

Если я правильно понимаю ваш вопрос, вот один из способов работы по списку:

s="ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT" 
n=4 
k=len(s)-2*n 
klist = [] 
for i in range(k): 
    kmer=s[i:i+n] 
    if not(kmer in klist) and (kmer in s[i+n:]): 
     klist.append(kmer) 
print klist 

Похоже, ваш пример имел несколько kmers, что ожидается, если я не недоразумение:

['TGCA', 'GCAT', 'CATG', 'ATGA'] 

для n = 5:

['TGCAT', 'GCATG', 'CATGA'] 

И даже n = 6:

['TGCATG', 'GCATGA']