Как установить tophat в Debian?

Question

Я попытался найти и попробовать все. У меня в моей системе установлены bowtie, samtools и libbam-dev. Во время работы ./configure я получаю эту ошибку:

checking for bamlib... configure: error: We could not detect the 
bam libraries (version or higher). If you have a staged bam library 
(still not installed) please specify $BAM_ROOT in your environment 
and do not give a PATH to --with-bam option. 

Как решить эту ошибку и установить Tophat?

Answer 1

SAMtools должен быть прочно упакован, иначе TopHat не сможет их использовать. Итак:

1. Сборка BAM с первого источника. Получить его на http://samtools.sourceforge.net/.
2. Выберите папку установки BAM (я называю ее для установки ниже).
3. Скопируйте все файлы заголовков C на Установите/Включите/бам.
4. Copy libbam.a в установить/LIB.
5. Место samtools двоичный на вашем пути.
6. Для Tophat, попробуйте ./configure --with-бам = установить
7. Если это не работает по какой-то странной причине, попробуйте также экспортировать BAM_ROOT = установить перед запуском ./configure.