У меня есть список диапазонов геномных областей, полученных из серии пациентов.Поиск перекрывающих областей хромосомы с помощью GRanges
> head(dotoo)
GRanges with 6 ranges and 3 metadata columns:
seqnames ranges strand | Id CN Histology
<Rle> <IRanges> <Rle> | <factor> <factor> <factor>
[1] 3 [167946693, 168005541] * | 9 3 MD
[2] 3 [189907623, 189954633] * | 9 3 MD
[3] 6 [132274121, 132384438] * | 9 3 MD
[4] 11 [ 67685096, 70138399] * | 9 4 MD
[5] 12 [ 53859037, 53927595] * | 9 3 MD
[6] 15 [ 19830049, 20089383] * | 9 1 MD
Когда я сюжет геномные аберраций с помощью
autoplot(dotoo, aes(fill=as.factor(Id), color=as.factor(Id)))
Я вижу много перекрывающихся областей, см изображения
Как узнать, какие регионы перекрывается между, по меньшей мере, 3 пациента, и поделились CN
?
В принципе, если вы посмотрите на изображение, как мне найти регионы, которые «стекают», и только часть, которая является общей? Есть ли вообще способ?
Вы пробовали 'findOverlaps()'? – nacnudus
У меня есть, и это не то, что мне нужно. –