Как окрасить те же метки на dendorgram в один цвет в r

Question

Я сгруппировал некоторые данные в r и построил результаты в виде дендрограммы. То, что я пытаюсь выяснить прямо сейчас, - это то, как я могу изменить цвет меток, так что одинаковые метки одинакового цвета.

я получил дендрограммы используя следующий код:

> d<-stringdist::stringdistmatrix(AR_GenesforR$AR_Genes) 
> cl <-hclust(as.dist(d)) 
> plot(cl, label=AR_GenesforR$AR_Genes) 
> groups <- cutree(cl, k=2) 
> rect.hclust(cl, k=2, border="red") 

В результате дендрограммы выглядит следующим образом:

То, что я хочу сделать сейчас, чтобы цвет все метки, которые являются одинаковыми в одного цвета, например. все 2010 желтый, все 2011 синий и прочее. Я исследовал довольно много, но в основном нашел способы окраски этикеток в соответствии с их кластерами. Кто-нибудь знает, как я могу делать то, что хочу?

Answer 1

Эта функция, которая будет делать то, о чем вы просите, на основании пакета dendextend R (здесь короткий 2 page paper on the package).

x <- c(2011,2011,2012,2012,2015,2015,2015) 
names(x) <- x 
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x))) 

color_unique_labels <- function(dend, ...) { 
    if(!require(dendextend)) install.packages("dendextend") 
    if(!require(colorspace)) install.packages("colorspace") 
    library("dendextend") 

    n_unique_labels <- length(unique(labels(dend))) 
    colors <- colorspace::rainbow_hcl(n_unique_labels) 
    labels_number <- as.numeric(factor(labels(dend))) 
    labels_colors(dend) <- colors[labels_number] 
    dend 
} 


par(mfrow = c(1,2)) 
plot(dend) 
dend2 <- color_unique_labels(dend) 
plot(dend2)