Я ищу простую библиотеку C++ для извлечения координат атомов из файла pdb. Большинство, с которыми я столкнулся, слишком много делают для моих простых потребностей, делая их излишне сложными.Простая библиотека PDB
Это было лет, так как я использовал что-нибудь для этого, и я использовал только библиотеки python. (На самом деле у меня была летняя работа в PDB в Университете Рутгерса).
Я думаю, что вы хотите использовать OEChem для C++ (это Open eye ... есть библиотека python).
Другая питонная библиотека, которую я помню, представляет собой pymmlib (макромолекулярная библиотека Python). Он также может быть доступен для C++, но я думаю, что это проприетарное программное обеспечение, поэтому вам понадобится лицензия.
Хотел бы я вспомнить больше ... надеюсь, что это поможет. Я не думаю, что будет легкое решение, если вы не захотите его самостоятельно закодировать.
Спасибо, OEChem выглядит лучше, чем я нашел. Хотя длительный процесс получения академической лицензии меня отталкивает. Я выбрал свой собственный код, чтобы делать то, что хочу, но я бы предпочел найти подходящую библиотеку/инструментарий для надежности. – marcog
ESBTL (Библиотека шаблонов простой структурной биологии) (http://esbtl.sourceforge.net/) - довольно недавняя библиотека, которая, вероятно, идеально подходит для ваших нужд. Он очень легкий сам по себе (только заголовки), хотя он зависит от библиотеки Boost, которая может или не отключит вас.
Конспект бумаги с описанием его можно найти здесь: (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/8/1127.abstract)
Я предполагаю, что вы говорите о файлах базы данных белков здесь –
Да, это правильно. – marcog