protein-database

12зной

4ответ

Вырезать внутри шаблона с использованием Python regex

Цель: Я пытаюсь выполнить разрез в реестре Python, где split не совсем делает то, что я хочу. Мне нужно вырезать внутри шаблона, но между персонажами. Я ищу: Я должен признать шаблон ниже в строке, и

python regex string split protein-database 2016-06-20

---

1зной

1ответ

Как использовать формат mmCIF вместо PDB в BioJava?

У меня есть небольшая проблема ... Я знаю, что для скачивания структуры PDB с помощью BioJava я должен использовать Structure s = StructureIO.getStructure("code"); Что я должен сделать, чтобы исполь

java protein-database biojava 2016-06-22

---

1зной

1ответ

Biopython PDB: вычислить расстояние между атомом и точкой

Используя типичный файл pdb, я могу рассчитать расстояние между двумя атомами в структуре, используя метод, аналогичный тому, который представлен в документации Biopython. Показанный здесь: from Bio i

python distance point biopython protein-database 2016-05-06

---

3зной

1ответ

Поиск связывания аминокислоты, база данных белка

Я пытаюсь найти, будут ли два атома, принадлежащие двум различным цепям, рассматриваться как «связанные» или нет. Это основано на том, что если расстояние (эвклидово, которое можно найти через заданны

python distance chain protein-database 2017-01-11

---

1зной

1ответ

Извлеките несколько белковых цепей из одного файла PDB

У меня есть файл PDB, который содержит несколько цепей, хотя и не содержит chainid. Я хотел бы использовать R, чтобы назначить chainid, чтобы я мог анализировать отдельные белковые цепи и находить опр

r protein-database 2015-07-20

---