1
Кто-нибудь знает о пакете или методе в R при выполнении MANOVA, контролируя филогенетическую независимость?Филогенетический MANOVA в R?
Спасибо!
A
ответ
4
sos пакет является вашим другом:
library('sos')
findFn('phylogenetic MANOVA')
кажется, geiger пакет и более точно aov.phylo выполняет филогенетическое ANOVA или MANOVA.
Вот пример из справки:
library(geiger)
geo=get(data(geospiza))
dat=geo$dat
d1=dat[,1]
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6)))
names(grp)=rownames(dat)
## MANOVA
x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks")
Multivariate Analysis of Variance Table
Response: dat
Df Wilks approx-F num-Df den-Df Pr(>F) Pr(phy)
group 1 0.27872 3.6229 5 7 0.061584 0.549
Residuals 11
+0
Спасибо! Какой большой пакет sos - я не сталкивался с этим раньше! Что касается гейгера, есть ли у вас какие-либо рекомендации по тестированию? Я знаю, что пример использует Wilks, но в базе R MANOVA использует Pillai, который является опцией, а другие варианты кажутся «Hotell-Lawley» и «Roy» ... – Sarah
+0
Ах, виньетки говорят: «Метод summary.manova использует многовариантная статистическая статистика для сводной таблицы. Статистика Уилкса наиболее популярна в литературе, но статистические данные по умолчанию Pillai-Bartlett рекомендованы Рукой и Тейлором (1987) ». Рука, Д. Дж. И Тейлор, C. C. (1987) Многомерный анализ разницы и повторных измерений. Чепмен и Холл. – Sarah
+0
Есть ли способ сделать то же самое для непрерывных данных? Это работает только для категориальных независимых переменных. – Sarah
Вы посмотрите на пакет 'geiger'? – user1981275