фактор в смешанной модели

Question

Я бегу смешанная модель на что-то похожее на эти данные:

df<-data.frame(stage=c("a","a","a","a","b","b","b","b","c","c","c","c"), 
nematode=c("fn","fn","bn","bn","fn","fn","bn","bn","fn","fn","bn","bn"), 
id2=c(1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4), 
value=c(1,0,0,2,3,1,1,2,0,0,0,2)) 

Модель Я пытаюсь подгонка:

stage.id <- function(x) round(summary(glmer(value ~ stage + (1 | id2),family="poisson", data = x))$coefficients[2, c(1, 2, 4)], 3) 
models.id0 <- ddply(tree2, .(stage, nematode), stage.id) 

Однако, когда я запускаю это, я постоянно получаю сообщение об ошибке:

Error in contrasts<- (*tmp* , value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

, который не имеет смысла для меня, учитывая, что я использовал NLEVELS() команду на каждом из фактора s (df $ stage и df $ нематода), и они равны 3 и 2 соответственно. Есть ли смысл в том, что может быть ошибкой?

Answer 1

Вы stage как фиксированный эффект в модели, но вы пытаетесь подобрать модель для каждой комбинации stage и nematode (ddply(tree2, .(stage, nematode), ...)). Таким образом, в каждом фрагменте данных есть только одно значение stage, которое вызывает ошибку.

Вы можете:

• применяются только по nematode значений, т.е. ddply(tree2,.(nematode), ...)
• оставить stage из вашей модели, то есть соответствовать моделям value ~ 1 + (1 | id2)

Согласно вашему комментарию ("моя цель состоит в том, чтобы сравнивать этапы для каждого из типов нематод. Т.е. для каждого типа нематод (например, bn) этапы отличаются друг от друга »), вы хотите, чтобы прежнее решение (применимо только к nematode).