Проблемы с установкой пакета пакетов GenomicFeatures

Question

Извините, что так скоро встал с вопросом простой установки, но моя неспособность решить эту проблему сама по себе серьезно ухудшает мою производительность. Во всяком случае, я попытался установить GenomicFeatures, как было предложено веб-сайтом BC.

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures") 

Я получил следующие сообщения об ошибках (в дополнении к нескольким предупреждений)

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’ 

Таким образом, некоторые проблемы с зависимостями, которые я предполагаю, но это кажется странным, что они будут автоматически установлены до GF , Я использую версию 2.15.0. Есть ли какие-нибудь подсказки относительно проблемы? Я был бы рад предоставить дополнительную информацию по мере необходимости. Благодарю.

Answer 1

У Мартина Моргана есть решение, которое, я считаю, работает в комментариях. Я расскажу об этом немного.

В сообщениях об ошибках сообщается, что вам нужны пакеты RCurl и XML. Оба этих пакета требуют, чтобы на вашей системе были определенные пакеты разработки. Кажется, вы работаете под управлением Linux. Если вы используете систему на базе Debian (Debian, Ubuntu, Mint, ...), то для установки RCURL вам необходимо установить libcurl4-openssl-dev, а для установки XML вам необходимо установить libxml2-dev. Вы можете сделать это относительно легко в командной строке, набрав

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev 

Это должно установить необходимые пакеты и любую зависимость. Тогда вы должны быть в состоянии установить RCurl и XML-пакетов внутри R.

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML") 

На данный момент у вас есть необходимые зависимости и должны быть в состоянии установить GenomicFeatures от Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures") 

Только примечание для тех, кто использует Windows, - получение RCurl и XML не всегда легко, однако, д-р Брайан Рипли предлагает двоичные файлы для этих пакетов в his website и вы можете скачать их оттуда довольно легко. Первоначально, когда я видел, что были проблемы с RCurl и XML, я думал, что это должен быть пользователь Windows, пока я не посмотрел на фактические ошибки и не понял, что это пользователь Linux.