Решенный: вам нужна помощь в установке gputools в моей системе (R версии 3.1.2 (2014-10-31) x86_64)

Question

Я нашел сайт, который предложил мне попробовать следующее проверить и посмотреть, все ли установлено перед установкой Nvidia toolkit. Я сделал следующее внутри R, и я бегу:

R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet" Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

2.1. Verify You Have a CUDA-Capable GPU

system("lspci | grep -i nvidia") 01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GM107 [GeForce GTX 750 Ti] (rev a2) 01:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation Device 0fbc (rev a1)

2.2. Verify You Have a Supported Version of Linux

system("uname -m && cat /etc/*release") 
x86_64 
DISTRIB_ID=Ubuntu 
DISTRIB_RELEASE=15.04 
DISTRIB_CODENAME=vivid 
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 15.04" 
NAME="Ubuntu" 
VERSION="15.04 (Vivid Vervet)" 
ID=ubuntu 
ID_LIKE=debian 
PRETTY_NAME="Ubuntu 15.04" 
VERSION_ID="15.04" 
HOME_URL="http://www.ubuntu.com/" 
SUPPORT_URL="http://help.ubuntu.com/" 
BUG_REPORT_URL="http://bugs.launchpad.net/ubuntu/" 

2.3. Verify the System Has gcc Installed

system("gcc --version") 
gcc (Ubuntu 4.9.2-10ubuntu13) 4.9.2 
Copyright (C) 2014 Free Software Foundation, Inc. 
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO 
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. 

2.4. Verify the System has the Correct Kernel Headers and Development Packages Installed

system("uname -r") 
3.19.0-28-generic 

system("nvcc --version") 
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver 
Copyright (c) 2005-2014 NVIDIA Corporation 
Built on Thu_Jul_17_21:41:27_CDT_2014 
Cuda compilation tools, release 6.5, V6.5.12 

system("cat /proc/driver/nvidia/version") 
NVRM version: NVIDIA UNIX x86_64 Kernel Module 352.30 Tue Jul 21 18:53:45 PDT 2015 
GCC version: gcc version 4.9.2 (Ubuntu 4.9.2-10ubuntu13) 

install.packages("gputools.tar.gz", repos = NULL, type = "source") 
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
* installing *source* package ‘gputools’ ... 
files ‘src/Makefile’, ‘src/config.mk’ have the wrong MD5 checksums 
** libs 
** arch - 
/usr/lib/nvidia-cuda-toolkit/bin/nvcc -gencode arch=compute_50,code=sm_50 -c -I. -I"/usr/lib/nvidia-cuda-toolkit/include" -I"/usr/lib/R/include" -Xcompiler -fpic rinterface.cu -o rinterface.o 
rinterface.cu:1:14: fatal error: R.h: No such file or directory 
#include<R.h> 
      ^
compilation terminated. 
Makefile:27: recipe for target 'rinterface.o' failed 
make: *** [rinterface.o] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘gputools’ 
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gputools’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘gputools.tar.gz’ had non-zero exit status 

install.packages("gputools", dependencies = T) 
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/gputools_0.28.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 65883 bytes (64 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 64 Kb 

* installing *source* package ‘gputools’ ... 
** package ‘gputools’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
** libs 
** arch - 
/usr/local/cuda/bin/nvcc -gencode arch=compute_10,code=sm_10 -gencode arch=compute_13,code=sm_13 -gencode arch=compute_20,code=sm_20 -gencode arch=compute_30,code=sm_30 -c -I. -I"/usr/local/cuda/include" -I"/usr/lib/R/include" -Xcompiler -fpic rinterface.cu -o rinterface.o 
/bin/bash: /usr/local/cuda/bin/nvcc: No such file or directory 
Makefile:27: recipe for target 'rinterface.o' failed 
make: *** [rinterface.o] Error 127 
ERROR: compilation failed for package ‘gputools’ 
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/gputools’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘gputools’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpvcNoks/downloaded_packages’ 

Поскольку я только начинаю с R, любая помощь будет отличной.

Answer 1

Надеюсь, я не слишком поздно!

У меня была такая же проблема, и я разрешил ее, испортив Makefile из пакета gputools.

Кажется, что пакет был ожидаем (в моем случае) NVCC и другие вещи в неправильных каталогах, поэтому, когда он пытался призвать к /usr/local/cuda/bin/nvcc я имел такое же сообщение:

/usr/local/cuda/bin/nvcc -gencode arch=compute_10,code=sm_10 -gencode arch=compute_13,code=sm_13 -gencode arch=compute_20,code=sm_20 -gencode arch=compute_30,code=sm_30 -c -I. -I"/usr/local/cuda/include" -I"/usr/lib/R/include" -Xcompiler -fpic rinterface.cu -o rinterface.o 
/bin/bash: /usr/local/cuda/bin/nvcc: No such file or directory 

Что я сделал скачать пакет, unpackit где-нибудь, а затем изменить в SRC/Makefile, линию

CUDA_HOME=/usr/local/cuda 

, чтобы указать на мой реальный Coda дом (в моем случае это /opt/cuda)

Это решило для меня, но у других были другие ошибки, следующие за этим, я уверен, что этот пост может помочь вам пройти через них, если с вами это случится!

http://dsnotes.com/blog/2015/06/04/installing-cuda-toolkit-and-gputools/

Приветствия

Answer 2

Для последней версии gputools, следуйте этим инструкциям, особенно если вы получаете сообщение об ошибке:

rinterface.cu:1:14: fatal error: R.h: No such file or directory 

1. Загрузить архивный файл из: https://cran.r-project.org/web/packages/gputools/index.html

или

~$ wget http://cran.r-project.org/src/contrib/gputools_1.1.tar.gz 

2. Извлечение Содержание

~$ tar -zxvf gputools_1.1.tar.gz 

3.View содержимое Инсталляционный файл для инструкций

~$ cd gputools/ 
~/gputools$ gedit INSTALL 

4.Если вы следуете инструкциям, вы получите что-то вроде этого

~$ R CMD INSTALL --configure-args="--with-nvcc=/usr/local/cuda/bin/nvcc 
--with-r-include=/usr/share/R/include" gputools_1.1.tar.gz