biopython тест установка неудачу: ОШИБКА: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase)

Question

Я пытаюсь проверить установку biopython на моем Mac и использовать эту команду:

$ sudo python3 setup.py test 

Все это хорошо, кроме этого сообщение об ошибке:

ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase) 
Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/zhouyang/biopython/Tests/test_Entrez_online.py", line 205, in test_fetch_xml_schemas 
     records = list(Entrez.parse(handle)) 
    File "/Users/zhouyang/biopython/build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/Bio/Entrez/Parser.py", line 267, in parse 
     raise CorruptedXMLError("Premature end of XML stream") 
Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError: Failed to parse the XML data (Premature end of XML stream). Please make sure that the input data are not corrupted. 

Кроме того, в ходе теста эти результаты показывают, что test_Entrez.online не удалось.

test_Entrez ... ok 
test_Entrez_online ... FAIL 
test_Entrez_parser ... ok 
test_Enzyme ... ok 

Я использую OS X EI Capitan 10.11.6 на Mac, у меня есть Python 2.7 и 3.5.2 установлена ​​и запущена python3 при установке biopython и сопутствующих пакетов.

Любая идея, что происходит не так?

Answer 1

Мне не понравилась бы эта ошибка. Этот тест пытается подключиться к серверу Entrez и извлечь что-то оттуда, и после этого проверьте, все ли в порядке с загруженными данными. За тысячу причин, не связанных с вашей установкой, это может быть неудачно при извлечении XML из NCBI.

Если вы можете использовать функцию Bio.Entrez.efetch() из ваших сценариев, все в порядке.