Расчет индекса OptimalCutoff Youden

Question

После вычисления кривой ROC для дихотомической переменной (a vs b). Я хочу рассчитать оптимальное значение отсечки, чтобы дифференцировать эту переменную. Индекс Youden - это значение, которое оптимизирует чувствительность и специфичность для дифференциации.

По-видимому, пакет «Оптимальные точки» должен быть в состоянии это сделать. Однако я получаю эту странную ошибку. Код, указанный ниже:

library(pROC) 
library(OptimalCutpoints) 
df <- structure(list(value = c(1945.523629, 2095.549323, 2066.585153, 
         2445.878083, 2112.252632, 2115.92955, 2000.285032, 2224.611905, 
         1616.534694, 1668.017699, 1475.980978, 1940.849817, 1716.666667, 
         2153.284314, 2063.353635, 2163.070313, 1856.319149, 1499.986928, 
         2240.440449, 1869.083916, 1807.196078, 2025.603604, 1638.22973, 
         1781.602941, 2014.013809, 1906.027356, 2033.148718, 1923.403162, 
         1687.107744, 2632.280305, 1774.073084, 2196.162393, 2164.108659, 
         2055.031216, 2229.501425, 1273.872576, 2224.126126, 2006.858974, 
         1956.601942, 1808.214521, 1535.387136, 1382.15, 1596.69693, 1779.477273, 
         1577.174699, 1908.321526, 1833.124454, 1679.492978, 1777.31114, 
         1988.249023, 1736.75, 1985.68521, 1821.025974, 1745.325862, 1805.640777, 
         2326.821229, 1858.558824, 2025.622727, 2197.781321, 1475.685446, 
         2000.906423, 1714.749573, 1436.529412, 1981.15572, 1939.612779, 
         2007.679335, 2029.189536, 1644.298246, 1824.697342, 2281.990385, 
         2131.331776, 1143.722714, 1784.578076, 2143.131579, 982.4908457, 
         2217.021592, 1799.512346, 526.7047753, 1613.25, 951.9103079, 
         1006.241888, 1146.276835, 1651.474138, 1568.484778, 1938.867704, 
         792.5410822, 1602.037383, 1244.281863, 957.5739437, 819.6116071, 
         879.2128326, 1189.638632, 775.5525292, 1148.193333, 1130.812183, 
         902.34, 994.3302961), type = c("a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", 
                 "a", "a", "a", "a", "a", "a", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", 
                 "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b", "b" 
         )), .Names = c("value", "type"), row.names = c(NA, -97L), class = "data.frame") 

rocobj <- plot.roc(df$type, df$value, percent = TRUE, main="ROC", col="#1c61b6", add=FALSE) 

optimal.cutpoint.Youden <- optimal.cutpoints(X = "value", status = "type", tag.healthy = 0, methods = "Youden", 
              data = df, pop.prev = NULL, 
              control = control.cutpoints(), ci.fit = FALSE, conf.level = 0.95, trace = FALSE) 
summary(optimal.cutpoint.Youden) 
plot(optimal.cutpoint.Youden) 

Ошибка: в вашем наборе данных нет здоровых предметов. Проанализируйте данные и переменные . Распространенность должна быть выше 0 и ниже 1.

У меня, вероятно, отсутствует кое-что очень очевидное здесь. Я попытался изменить код на основе файла справки пакета, но я не могу избавиться от ошибки.

Большое спасибо и мои извинения за мои R «навыки»

PS: Я понимаю ограничения определения «оптимальный отсечка», потому что это зависит от того, насколько важна ваша чувствительность по сравнению с вашей спецификой и т.д. Я просто хотите иметь представление о том, какую ценность мы получили бы при использовании этой техники.

Answer 1

проблема заключается в том, как вы определили аргумент tag.healthy. Это должно быть 'a' или 'b', поскольку они в ваших данных. Вы определили его как 0.

Надеюсь, это поможет.