Использование пакета phia для тестирования взаимодействий с последней версией afex

Question

Как использовать функцию testInteractions из пакета phia с последней версией afex (, теперь aov_ez)?

Хотя это работало прямо в v0.3, оно больше не работает в v0.4.

Answer 1

Думал, что я разместил решение здесь, так как он некоторое время озадачивал меня, почему мои скрипты на основе v.03 больше не запускались после обновления.

Решение прост, идентификация (используется phia) больше не выводится как model$idata, но сейчас находится в model$Anova$idata. Внесение изменений в синтаксис testInteractions - это все, что необходимо.

Рабочий пример

# Run the old way, to illustrate method 
remove.packages('afex') 

install.packages("http://www2.uaem.mx/r-mirror/src/contrib/Archive/afex/afex_0.3-42.tar.gz",repos=NULL, type='source') 
require(afex) 
packageDescription('afex') 

data("obk.long") 
head(obk.long) 

a<- 
ez.glm("id", "value", obk.long, within = c("phase", "hour"), print.formula = TRUE, return='full') 
a 
nice.anova(a$Anova) 

#Run a contrast with phia 
install.packages('phia') 
require('phia') 
testInteractions(a$lm, pairwise = "phase", idata=a$idata) 

# Now, with the latest afex 
detach("package:afex", unload=TRUE) 
install.packages('afex') 
require(afex) 
packageDescription('afex') 

b<-aov_ez("id", "value", obk.long, within = c("phase", "hour"), print.formula = TRUE) 
b 

# This issue here is that no idata comes out of aov_ez in its latest version, so scripts no longer work... 
testInteractions(b$lm, pairwise = "phase", idata=b$idata) 

# The data is, however, nested in the Anova table... 
testInteractions(b$lm, pairwise = "phase", idata=b$Anova$idata)