BLAST: не blastpgp производит выходной файл, не зная, если используется пометка база данных правильно

Question

Вопрос 1:

Я бегу следующее:

blast-2.2.26/bin/blastpgp -i protein.fasta -j 5 -o file -d nr 

где protein.fasta находится файл Fasta, содержащий один белковой последовательности. Это не приводит к выходу, а файл -o пуст.

Вопрос 2:

Я был в состоянии успешно использовать:

blast-2.2.26/bin/formatdb -i family_of_proteins.fas -o T -s T 

для создания файлов базы данных. Однако это создало несколько файлов: .phr, .pin, .psd, .psi, .psq. Какую из них я должен передать с флагом -d для использования моей собственной базы данных?

Спасибо!

Answer 1

На вопрос 2:

Вы должны пройти базовое имя с флагом -d, так что в вас, например, было бы «-d family_of_proteins.fas»