Как создать файл netCDF-4 с переменной переменной длины из ncml?

Question

Я пытаюсь написать файл netCDF-4 с переменной переменной длины.

В идеале я бы использовал утилиту ncgen, но не поддерживает ncml. Поэтому я использую netCDF-java lib 4.6.6. Следующий ncml без переменной переменной длины производит работоспособную NetCDF-4 файла:

java -Xmx1g -classpath ~/dump/netcdfAll-4.6.6.jar ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset -in test.ncml -out test.nc4 -netcdf4 

Это соответствующий ncml/XML:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
<netcdf xmlns="http://www.unidata.ucar.edu/namespaces/netcdf/ncml-2.2" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://what.no"> 
    <group name="data"> 
    <dimension name="number_packets" length="6"/> 
    <variable name="packet_time_utc" shape="number_packets" type="double"> 
    </variable> 
    </group> 
</netcdf> 

Если я добавляю еще неограниченное измерение в ncml, происходит сбой

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
<netcdf xmlns="http://www.unidata.ucar.edu/namespaces/netcdf/ncml-2.2" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://what.no"> 
    <group name="data"> 
    <dimension name="number_packets" length="6" isVariableLength="true" isShared="false"/> 
    <variable name="packet_time_utc" shape="number_packets" type="double"> 
    </variable> 
    </group> 
</netcdf> 

Согласно ncml schema, определение размера является правильным. тзд Ошибка NetCDF: Переменная не найдена:

NetcdfDatataset read from test-vlen.ncml write to test-Vlen.nc4 java.io.IOException: -49: NetCDF: Variable not found 
     at ucar.nc2.jni.netcdf.Nc4Iosp.writeData(Nc4Iosp.java:2835) 
     at ucar.nc2.jni.netcdf.Nc4Iosp.writeData(Nc4Iosp.java:2789) 
     at ucar.nc2.NetcdfFileWriter.write(NetcdfFileWriter.java:954) 
     at ucar.nc2.NetcdfFileWriter.write(NetcdfFileWriter.java:938) 
     at ucar.nc2.FileWriter2.copyAll(FileWriter2.java:431) 
     at ucar.nc2.FileWriter2.copyVarData(FileWriter2.java:384) 
     at ucar.nc2.FileWriter2.write(FileWriter2.java:199) 
     at ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.main(NetcdfDataset.java:1888) 
Exception in thread "main" java.io.IOException: -101: NetCDF: HDF error 
     at ucar.nc2.jni.netcdf.Nc4Iosp.close(Nc4Iosp.java:289) 
     at ucar.nc2.NetcdfFileWriter.abort(NetcdfFileWriter.java:1032) 
     at ucar.nc2.FileWriter2.write(FileWriter2.java:207) 
     at ucar.nc2.dataset.NetcdfDataset.main(NetcdfDataset.java:1888) 

Указание length="*", как это было рекомендовано here, результаты в другой ошибки NumberFormatException.

Я использую последние версии доступны:

• HDF 1.8.17
• NetCDF C 4.4.0
• NetCDF-ява Lib 4.6.6

Ошибка о неспособности найти переменную (FileWrite хочет скопировать все переменные). Тем не менее, я застрял, пытаясь найти происхождение ошибки.

Answer 1

Я воспроизвел это с помощью netCDF-java lib branch 5.0.0; совершить 0cc266d, но ошибка немного понятнее:

Со вторым Например:

java.lang.IllegalArgumentException: Dimensions added to a group must be shared. 

После удаления isShared="false"

java.lang.IllegalArgumentException: variable length dimension cannot be shared or unlimited 

Мне кажется, что нет никакой поддержки только пока ,

Answer 2

К сожалению, это не то, что мы поддерживаем в NetCDF-Java. Я сделал вопрос об этом на GitHub.