Clustering-Plotting крупнейших n кластеров

Question

Я использую кластер HOPACH - есть ли способ визуализировать только самые крупные кластеры (например, только 3 крупнейших)? Текущий код визуализирует все кластеры.

library(cluster) 
library(hopach) 

distance =distancematrix(DNA[1:30],"cosangle") 
hobpach.DNA =hopach(DNA[1:30],dmat=distance) 

labels = c(hobpach.DNA$clustering$labels) 

table(labels, DNA$class) 

#Plots all clusters 

clusplot(DNA[1:30], hobpach.DNA$clustering$labels, main='Cluster Vis', 
    color=TRUE, shade=TRUE, 
    labels=2, lines=0) 

Answer 1

В clusplot ничего подобного нет. Но вы можете легко узнать, какие кластеры самые большие, а затем только дать их функции clusplot.

# find the indicees of the largest clusters 
biggest_indicees <- labels %in% names(sort(table(labels), decreasing = TRUE)[1:3]) 

# plot three largest clusters 
clusplot(df[biggest_indicees, ], labels[biggest_indicees], main = 'Cluster Vis', 
     color = TRUE, shade = TRUE, labels = 2, lines = 0)