Использование скрытых марковских моделей в R или python

Question

Знаете ли вы хорошую литературу и/или учебники о том, как реализовать HMM в python, R (Bioconductor)? (особенно для анализа последовательности)

Answer 1

Существует пакет HMM на CRAN, который может быть хорошим местом для начала.

http://cran.at.r-project.org/web/packages/HMM/index.html

Это легко обнаруживается из самого R:

RSiteSearch("HMM") 

Answer 2

GHMM для питона имеет tutorial, но это коротко и они признают, что "Currently, the GHMM is utterly lacking in documentation."

Мне нравится the Rabiner paper.

У меня есть технический отчет по the use of HMM for genetic mapping.

Я рекомендую прочитать немного Rabiner, а затем реализовать что-то. Уравнения вперед/назад - это всего лишь несколько строк.