Надежда кто-то может мне помочь .. Я пытаюсь установить пакет mzmatch.R для метаболомики, следуя инструкции здесь: http://mzmatch.sourceforge.net/tutorial.mzmatch.r.phpR ошибка Bioconductor MZR загружаемой библиотеки
Я совершенно новый для R, так что это мой первый раз делал такие вещи. Сначала я загрузил последнюю версию R и установил ее на Mac OSX 10.7. Это версия R, которая у меня запущена: R 2.15.0 GUI 1.51 Leopard build 64-bit (6148)
Затем я запустил R64.app и набрал следующие команды (как указано в инструкциях в ссылке выше) для установки пакета и всех его зависимостей.
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite(c("faahKO", "xcms", "multtest"))
> install.packages(c("rJava","XML","snow","caTools","bitops","ptw"))
> source ("http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R")
Последний шаг всегда будет терпеть неудачу со следующим сообщением:
trying URL 'http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/mzmatch.R.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 104535 bytes (102 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 102 Kb
* installing *source* package ‘mzmatch.R’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
call: value[[3L]](cond)
error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error : package ‘mzR’ could not be loaded
ERROR: lazy loading failed for package ‘mzmatch.R’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mzmatch.R’
Warning message:
In install.packages(pkgs = "mzmatch.R.tar.gz", repos = NULL, type = "source") :
installation of package ‘mzmatch.R.tar.gz’ had non-zero exit status
Я думал, что это произошло потому, что библиотека "MZR" не может быть загружен, поэтому я попытался:
> biocLite("mzR")
> library("mzR")
и, конечно же, возникла та же ошибка:
Loading required package: Rcpp
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'mzR', details:
call: value[[3L]](cond)
error: failed to load module Ramp from package mzR
could not find function "errorOccured"
Error: package/namespace load failed for ‘mzR’
Я сейчас совсем потерялся и не уверен, что делать вообще. Спасибо за прочтение !
Помогает ли вам попробовать "library (xcms)", затем "source ('http://puma.ibls.gla.ac.uk/mzmatch.R/install_mzmatch.R')"? – neilfws
, подтверждающий вывод 'sessionInfo()' (неявно, убедившись, что вы используете текущий R) и запрашиваете [список рассылки Bioconductor] (http://bioconductor.org/help/mailing-list/), cc (с сайта [Bioc mzR целевая страница] (http://bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/mzR.html)) может получить некоторую помощь. –