Возможно ли установить пакет биодобавки «дождь» в ноутбуке R Jupyter?

Question

Я хочу установить bioconductor rain package для R в ноутбуке Jupyter.

Я не в состоянии установить этот пакет в Jupyter ноутбука, следуя инструкциям, приведенным на веб-сайте, указанному выше - в качестве R Jupiter ноутбука:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("rain") 

я получаю следующее сообщение об ошибке:

Warning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message: 
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status 

В Jupyter (DESeq2) мне удалось установить другой комплект для биокондуктора, используя следующую команду:

conda install bioconductor-deseq2 

Но этот метод не работает для пакета дождя, потому что, в отличие от deseq2, дождь не находится в облаке анаконды.

Возможно ли установить пакет биокондуктора не на облако анаконды (например, на пакет дождя) в Jupyter, и если да, то как?

Спасибо!

Answer 1

Я нашел решение моей проблемы. Существует два способа установки IRkernel: 1) использование CRAN + Github (инструкции: http://irkernel.github.io/) и 2) в виде пакета conda, называемого r-irkernel. В более позднем методе, который я использовал, устанавливается и запускается собственная версия RDS от Conda, которая имеет более ограниченную функциональность с точки зрения пакетов, которые могут быть установлены. В то время как метод CRAN + Github позволяет Jupyter использовать версию R, уже установленную на вашем компьютере, с любыми пакетами, которые она может запускать.