Как запускать разные, несколько Rscripts в кластере SGE

Question

Я пытаюсь запустить различные Rscripts в кластере SGE, каждый Rscript изменяется только одной переменной (например, рак < - «UVM» или «ACC» и т. Д.).

Я попытался двумя способами: либо запустить Single Rscript, которая получает аргументы командной строки для 30 различных имен рака

ИЛИ

запускать каждый Rscript (т.е. UVM.r, ACC.r и т.д.)

В любом случае, я испытываю трудности при определении того, как отправить эти задания, поэтому каждый раз я могу запускать один Rscript 30 раз с разными аргументами или запускать несколько Rscripts без аргументов командной строки.

Answer 1

Вы можете использовать цикл while в bash для этого.

1. Установка входного файла аргументов, например. args.txt:

   UVM 
   ACC 
   

2. Run qsub в while цикле представить сценарий для каждого аргумента:

   while read arg 
   do 
       echo "Rscript script.R ${arg}" | qsub <options> 
   done <args.txt 
   

   Выше использует echo передать код для запуска на qsub.

Answer 2

Задание сценария, как это:

#!/bin/bash 
#$ -t 1-30 
shift ${SGE_TASK_ID} 
exec Rscript script.R $1 

Отправить как это qsub job_script dummy UVM ACC ...