1
У меня есть номер и местоположение хромосомы (chr1 и location 1599812). Я хочу использовать pysam-модуль python для доступа к файлу bam, чтобы получить информацию о номерах считывания только для определенной области chr1 и местоположения 1599812. Я пробовал использовать pileup(), но для этого требуется ряд местоположений, тогда как в моем случае я хочу только конкретную а не такой диапазон.Доступ к файлу Bam в определенном месте с использованием Pysam
попробуйте добавить несколько тегов, так что легче для людей, которые могли бы быть в состоянии помочь вам найти свой вопрос –
индексируется ваш бам? – dkatzel
Вы пытались установить индекс начала и конца одной и той же координаты (предупреждение основано на 0, а не на основе остатков) – dkatzel