Почему FastQC не работает после использования Trim в изобилии?

Question

У меня есть файл FASTQ, и я могу запустить программу FASTQC для анализа файла. но когда я использую trim_galore, FASTQC (или опция FASTQC в trim_galore) больше не работает.

$ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz 

Это выход:

Started analysis of sub1_val_1.fq.gz 
Analysis complete for sub1_val_1.fq.gz 
Failed to process file sub1_val_1.fq.gz 
java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: -1 
    at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.SequenceLengthDistribution.calculateDistribution(SequenceLengthDistribution.java:100) 
    at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.SequenceLengthDistribution.raisesError(SequenceLengthDistribution.java:184) 
    at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:336) 
    at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84) 
    at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155) 
    at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110) 
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:695) 

ли Failed to process file ошибка, потому что версия не является правильным между trim_galore и FastQC?

I found this, но это не было helpful.

Я использую FastQC v0.11.5 и trim_galore v0.4.1.

Я subsetted библиотеку (читает в парном) с помощью этого:

seqtk sample -s100 ./SRR2937435_1.fastq.gz 10000 | gzip > sub1.fastq.gz 
seqtk sample -s100 ./SRR2937435_2.fastq.gz 10000 | gzip > sub2.fastq.gz 

Файла sub1_val_1.fq.gz был после прохождения sub1.fastq.gz в trim_galore. Работает FastQC с sub1.fastq.gz.

---

Примечание: Как предложил вывешен на biostars.org.

Answer 1

Я нашел ответ: Вам нужно распаковать его. Вероятно, trim_galore работает только с tar.gz, а не fastq.gz.

gzip -d -k sub1.fastq.gz > sub1.fastq 
y # to accept to overwrite 
gzip -d -k sub2.fastq.gz > sub2.fastq 
y # to accept to overwrite 

trim_galore --illumina --paired --fastqc sub1.fastq sub2.fastq