fasta

0зной

2ответ

Присвоить переменную, если индекс индекса за пределами диапазона ошибка python

Как передать строку переменной, если найдена ошибка индекса? Рассмотрим код: for l1, l2 in zip(open('file1.list'), open ('file2.list')): a=fasta1[int(l1)] b=fasta2[int(l2)] alignments

python indexing error-handling fasta index-error 2017-02-21

---

4зной

2ответ

«NotImplementedError: SeqRecord» при использовании отсортированного по файлу fasta, обрабатываемого с помощью SeqIO

Я пытаюсь сортировать файл fasta по алфавиту порядка последовательностей в файле (а не идентификатор последовательностей). Файл fasta содержит более 200 последовательностей, и я пытаюсь найти дубликат

python bioinformatics biopython fasta 2017-02-21

---

2зной

2ответ

эффективно читается в файле fasta и вычисляет нуклеотидные частоты в R

Как я могу прочитать в файле fasta (~ 4 Гб) и рассчитать нуклеотидные частоты в окне длиной 4 бит/с? это занимает слишком много времени, чтобы прочитать в файле Fasta с помощью library(ShortRead) rea

r fasta 2017-01-14

---

1зной

1ответ

Создание функции для перевода последовательности ДНК с помощью словаря

У меня есть таблица кодонов, как такой codon = {'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC'

python dictionary fasta 2017-01-26

---

0зной

3ответ

Автоматизировать Fasta последовательности извлечения для многих файлов

у меня есть Fasta файл со многими последовательностями следующим образом: >gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGGAATAAACGAT

python loops fasta 2017-02-02

---