Веник: tidy error с dataframe of nnet :: multinom models

Question

Я создаю многомерные модели, используя nnet, с моделью, установленной для каждого города в наборе данных. При попытке использовать tidy с этими моделями, я получаю следующее сообщение об ошибке:

Error in probs[i, -1, drop = FALSE] : subscript out of bounds 

Однако, если я произвожу модель для каждого города в отдельности, а затем использовать tidy я не получаю сообщение об ошибке для любого из моделей , Я также могу использовать glace без ошибок.

Что может быть причиной этой ошибки?

library(broom) 
library(dplyr) 
library(nnet) 

dfstack <- structure(list(Var1 = c(73L, 71L, 66L, 75L, 96L, 98L, 98L, 65L, 
75L, 74L, 71L, 98L, 100L, 87L, 78L, 50L, 73L, 82L, 70L, 70L, 
31L, 34L, 32L, 100L, 100L, 100L, 54L, 51L, 36L, 48L, 66L, 60L, 
59L, 72L, 76L, 90L, 85L, 76L, 55L, 53L, 42L, 54L, 54L, 10L, 34L, 
18L, 6L, 16L, 63L, 41L, 68L, 55L, 52L, 57L, 64L, 61L, 68L, 44L, 
33L, 19L, 38L, 54L, 44L, 87L, 100L, 100L, 63L, 75L, 76L, 100L, 
100L, 64L, 95L, 90L, 99L, 98L, 87L, 62L, 62L, 88L, 79L, 85L), 
    Status = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
    3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("A", 
    "B", "C"), class = "factor"), City = structure(c(3L, 3L, 
    3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
    3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
    3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Denver", "Miami", "NYC"), class = "factor"), 
    ID = structure(c(52L, 63L, 74L, 77L, 78L, 79L, 80L, 81L, 
    82L, 53L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 64L, 
    31L, 42L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 32L, 1L, 12L, 
    23L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 2L, 3L, 4L, 5L, 65L, 66L, 
    67L, 68L, 69L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 6L, 
    7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 13L, 70L, 71L, 72L, 73L, 75L, 76L, 
    41L, 43L, 44L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 
    24L), .Label = c("Denver1", "Denver10", "Denver11", "Denver12", 
    "Denver13", "Denver14", "Denver15", "Denver16", "Denver17", 
    "Denver18", "Denver19", "Denver2", "Denver20", "Denver21", 
    "Denver22", "Denver23", "Denver24", "Denver25", "Denver26", 
    "Denver27", "Denver28", "Denver29", "Denver3", "Denver30", 
    "Denver4", "Denver5", "Denver6", "Denver7", "Denver8", "Denver9", 
    "Miami1", "Miami10", "Miami11", "Miami12", "Miami13", "Miami14", 
    "Miami15", "Miami16", "Miami17", "Miami18", "Miami19", "Miami2", 
    "Miami20", "Miami21", "Miami3", "Miami4", "Miami5", "Miami6", 
    "Miami7", "Miami8", "Miami9", "NYC1", "NYC10", "NYC11", "NYC12", 
    "NYC13", "NYC14", "NYC15", "NYC16", "NYC17", "NYC18", "NYC19", 
    "NYC2", "NYC20", "NYC21", "NYC22", "NYC23", "NYC24", "NYC25", 
    "NYC26", "NYC27", "NYC28", "NYC29", "NYC3", "NYC30", "NYC31", 
    "NYC4", "NYC5", "NYC6", "NYC7", "NYC8", "NYC9"), class = "factor")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -82L), .Names = c("Var1", "Status", "City", "ID")) 

Model.List <- dfstack %>% group_by(City) %>% do(modfits = multinom(Status~Var1, data=.)) 
tidy(Model.List, modfits) # produces error 
glance(Model.List, modfits) # no error 

# no error when each city on its own 
df1 <- dfstack %>% filter(City == "NYC") %>% do(modfit1 = multinom(Status~Var1, data=.)) 
tidy(df1, modfit1) 

df2 <- dfstack %>% filter(City == "Miami") %>% do(modfit1 = multinom(Status~Var1, data=.)) 
tidy(df2, modfit1) 

df3 <- dfstack %>% filter(City == "Denver") %>% do(modfit1 = multinom(Status~Var1, data=.)) 
tidy(df3, modfit1) 

Answer 1

Не просите меня объяснить, почему, но я понял это.

tidy.multinom звонки summary.multinom, который вызывает vcov.multinom, который вызывает multinomHess. Ошибка генерировалась в multinomHess, которая запускается только тогда, когда матрица Гессиана не генерируется при первоначальном вызове multinom. То есть вам необязательно тратить время на вычисление матрицы Гессиана, если вы не собираетесь использовать объект summary.

По какой-то причине, когда объекты multinom формируются в вызове do, summary.multinom не может вычислить матрицу Гессиана. Это можно обойти, вызвав multinom с Hess = TRUE. Смотрите ниже:

Model.List <- 
    dfstack %>% 
    group_by(City) %>% 
    do(modfits = multinom(Status~Var1, 
         data=., 
         Hess = TRUE)) 
tidy(Model.List, modfits) 
glance(Model.List, modfits) 

В исходном коде, glance не бросает ошибку, потому что glance.multinom не полагается на summary.multinom.