Выход FastqGeneralIterator

Question

Я использую FastqGeneralIterator, но обнаруживаю, что он удаляет @ из первой строки файла fastq, а также информацию для третьей строки (она удаляет всю 3-ю строку). Я добавил @ в 1-й строке следующим образом:

for line in open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq"): 
fout.write(line.replace('SEQ', '@SEQ')) 

Я хочу также добавить 3-ю строку, которая начинается с + и нет ничего после этого. Например:

@SEQILMN0 
    TCATCGTA.... 
    + 
    #<BBBFFF..... 

Может кто-нибудь мне помочь?

Answer 1

вы можете использовать, String Formatting Operations %

from Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator 
with open("prova_FiltraN_CE_filt.fastq", "rU") as handle: 
    for (title, sequence, quality) in FastqGeneralIterator(handle): 
     print("@%s\n%s\n+\n%s" % (title, sequence, quality)) 

вы получите fastq формат печати, используя FastqGeneralIterator

 
@SEQILMN0 
TCATCGTA.... 
+ 
#<BBBFFF....