biopython

0зной

3ответ

biopython установка: ошибка: команда «НКУ» не удалось со статусом выхода 1

Я пытаюсь установить Python пакет biopython от источника на моем MacBook Pro OSX 10.9.4, Я бегу python setup.py build в терминале и получить это running build running build_py running build_ext bui

0зной

1ответ

Функция сравнения последовательностей не работает как ожидалось

Любительский кодер Python, пытающийся учиться здесь, поэтому я хотел спросить, что происходит с моим скриптом. Я не могу понять, где это происходит. (подумайте о линии 24 или difference = "%s-%s [%d]"

0зной

2ответ

Самый быстрый способ добавить «N» s и объединить миллионы последовательностей в fasta

Я хочу объединить все последовательности в файле fasta с фиксированным числом «N», вставленным между последовательностями. Я попытался сделать это, добавив кучу «N» для всех последовательностей в файл

0зной

1ответ

Biopython для матрицы подобия - ищет лучшую производительность

Я хочу рассчитать подобие между входной последовательностью и коротким фрагментом из последовательности. Результатом является матрица подобия с каждой позицией, являющейся оценкой выравнивания. Работа

-5зной

1ответ

разбор BLASTP вывода, используя biopython

мне нужна помощь, чтобы разобрать следующий BLASTP выхода для выравнивания 2 последовательности: BLASTP 2.2.28+ Query= Length=237 Subject= Length=268 Score = 429 bits (1104), Expect = 2e-157

1зной

1ответ

Biopython Global Alignment: Out of Memory

Im пытается использовать метод global alignment из модуля Biopython. Использование его на коротких последовательностях легко и сразу дает матрицу выравнивания. Однако мне действительно нужно запускать

0зной

1ответ

Напишите выравнивание и дерево ascii в файл

Я использую функции AlignIO и Phylo библиотеки Biopython, чтобы выровнять несколько последовательностей и создать филогенетическое дерево. Документация очень ясна в этом отношении, и у меня нет никаки