biopython

0зной

1ответ

Чтение в трех разных кадрах

Итак, я пытаюсь создать класс, который читает строку ДНК в трех разных кадрах - тот, который начинается с позиции 0 (или первой базы), другой, которая начинается в позиции 1 (вторая база), а третий, к

python bioinformatics biopython fasta dna-sequence 2014-05-12

---

1зной

1ответ

Как мне перемещаться по результатам биофайла Entrez efetch?

Когда я запускаю следующее; from Bio.Blast import NCBIWWW from Bio import Entrez, SeqIO Entrez.email = "[email protected]" handle = Entrez.efetch(db="Protein", id= "75192198", rettype = "xml") rec

python python-2.7 biopython ncbi 2014-09-02

---

0зной

2ответ

Как извлечь все цепочки из файла PDB?

Я следую этой странице How to extract chains from a PDB file?, но я не могу найти полное решение того, что я хочу. Вот мой вопрос: , не указывая идентификатор цепочки, я хочу извлечь все идентификатор

biopython chain protein-database 2014-09-05

---

1зной

1ответ

Parsing GenBank file

В принципе, файл GenBank состоит из записей генов (объявляется «геном», за которым следует соответствующая запись «CDS» (только одна на ген), как показано на рисунке ниже. Я хотел бы получить locus_ta

perl awk biopython bioperl 2014-02-19

---

0зной

1ответ

манипулирование файлом gff с biopython

У меня есть файл GFF, который является 9-тибовым файлом с ограниченным доступом. Мой файл Gff выглядит так: chr1 GenBank region 1 2821361 . + 1 ID=CP000253.1 chr1 S-MART utr5 313 516 . + . ID=CP0002

python bioinformatics biopython 2014-09-09

---

1зной

1ответ

Entrez epost + elink возвращает результаты не в порядке с Biopython

Я столкнулся с этим сегодня и хотел его бросить. Похоже, что использование интерфейса Biopython для Entrez в NCBI невозможно вернуть результаты (по крайней мере, от elink) в правильном (то же, что и в

python bioinformatics biopython ncbi 2014-09-10

---

2зной

1ответ

Можно ли выкинуть исходный код после запуска setup.py?

Я новичок в установке пакетов python. Я только что установил Biopython, перейдя к исходному коду (скачанный с GitHub) и бега: python setup.py build Мой вопрос - могу я теперь выкинуть код исходные ф

python installation biopython 2014-09-11

---

1зной

2ответ

Добывающие CDS последовательности в Biopython

Добрый день всем, Я начинаю программировать в Biopython, и мне интересно, как извлечь генные последовательности и идентификаторы белка из генома GenBank файла (* .gb), имеющий координаты всех функций.

sequences biopython 2014-04-28

---