fasta

0зной

1ответ

Использование функции для создания dict не будет работать, но вне функции

У меня есть проблема, которую я не могу найти и исправить. FASTA = >header1 ATCGATCGATCCCGATCGACATCAGCATCGACTAC ATCGACTCAAGCATCAGCTACGACTCGACTGACTACGACTCGCT >header2 ATCGATCGCA

python regex dictionary fasta 2015-03-02

---

1зной

2ответ

Преобразование/преобразование изобилия (OTU) table/data.frame (в файл fasta) в R

Я работаю над большим набором данных на данный момент, и до сих пор я мог решить все свои идеи/проблемы с помощью бесчисленных поисковых запросов Google и долго пробуйте & ошибок сессии очень хорошо.

r fasta bioconductor mothur 2015-03-03

---

-1зной

2ответ

Файл SAM для FASTA с awk или sed?

Пример файла одног здесь: @SQ SN:gi|669687444|gb|KJ769480.1| LN:1200 @SQ SN:gi|669687442|gb|KJ769479.1| LN:900 @SQ SN:gi|669687440|gb|KJ769478.1| LN:1162 @SQ SN:gi|669687438|gb|KJ769477.1| LN:1074

awk sed bioinformatics fasta 2015-01-21

---

0зной

2ответ

grep, Извлечение подмножества последовательностей из файла fasta на основе слова в строке id

Я знаю, что есть вопрос как этот, но это немного отличается. Я хочу извлечь подмножество последовательностей из файла fasta на основе слова в строке id и поместить их в новый файл. Я попробовал grep -

perl grep extract fasta 2015-01-21

---

0зной

1ответ

Измените имя строки идентификатора на случайное сокращенное имя в файле fasta

У меня есть файл fasta, содержащий около 8000 последовательностей. Мне нужно изменить имя строки идентификатора на случайное уникальное сокращенное имя (макс. Длина 10). Файл fasta содержит такие посл

perl random identifier short fasta 2015-01-25

---

0зной

1ответ

Хотите добавить случайную строку в строку идентификатора в файле fasta

Я хочу добавить случайную строку в существующую строку идентификатора в файле fasta. Так я получаю: MMETSP0259|AmphidiniumcarteCMP1314aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa Тогда последовательност

perl random add identifier fasta 2015-02-12

---