iranges

1зной

1ответ

Любой способ извлечения имени IntegerList более элегантно из вложенного списка?

У меня есть список индексов позиции в IntegerList, и я решил отфильтровать их заданный порог, и он работает хорошо. Тем не менее, я хочу извлечь один из определенных фильтрованных наборов для каждого

r list extraction iranges 2016-10-01

---

2зной

1ответ

линейных интервалов Объединить

У меня есть data.frame, который состоит из линейных интервалов для каждого id: df <- data.frame(id = c(rep("a",3),rep("b",4),rep("d",4)), start = c(3,4,10,5,6,9,12,8,12,15,27), end = c

r intervals intersect iranges 2016-03-21

---

1зной

1ответ

Диаграмма Венна из Усадьбы

У меня есть мызы объекты, как это (показывая два из четырех): > upmd_Hf3a GRanges object with 398117 ranges and 2 metadata columns: seqnames ranges strand | type nCG <Rle> <

r overlap venn-diagram iranges 2016-06-29

---

0зной

2ответ

Получить определенный диапазон, которые перекрываются

У меня есть два dataframes: cnv_1 chr start end 3 62860387 63000898 12 31296219 31406907 14 39762575 39769146 19 43372386 43519442 19 56419263 56572829 cnv_2 chr start end 6 30994163 3099507

r dataframe overlap iranges genomicranges 2016-12-01

---

0зной

1ответ

цикл над объектами списка GRanges в R

У меня проблема с циклизацией по списку GRanges. мой feature содержит список объектов: feature file: ... $Pol3 GRanges object with 205 ranges and 0 metadata columns: seqnames ranges str

r iranges 2016-12-01

---

7зной

1ответ

Эффективное построение GRanges/IRanges из Rle-вектора

У меня есть кодированный вектор длины пробега, представляющий некоторое значение в каждой позиции на геноме, по порядку. В качестве примера предположим, что я игрушка была только одна хромосома длиной

r bioinformatics bioconductor run-length-encoding iranges 2016-08-30

---