samtools

0зной

1ответ

Я пытаюсь установить samtools() на cygwin. Я следил за различными трюками here и here, но, похоже, моя проблема в том, что я не могу работать pthread. установлен НКУ и работы, устанавливается и работа

0зной

1ответ

Запуск samtools из qsub

Я пытаюсь запустить некоторые команды samtools из вызова qsub (для запуска в кластере). По некоторым причинам команды, похоже, не распознаются. Однако, если я скопирую команду и запускаю ее непосредст

0зной

1ответ

htsjdk прерывистого индексированный FASTA чтение errror

У меня есть проблема с перерывами получает исключение из htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile: htsjdk.samtools.SAMException: словарь последовательности и индекс содержат разное количеств

2зной

1ответ

Импорт результатов модуля pysam

пытается определить, что вызывает эту ошибку. Установили анаконда и использовали Конда установки pysam, работал немного, но вдруг получаю эту ошибку >>> import pysam Traceback (most recent call last)

1зной

1ответ

Визуализация Multi-BAM с помощью средства просмотра выравнивания планшета

Я использую средство просмотра выравнивания планшета (http://bioinf.scri.ac.uk/tablet/) для визуализации моих файлов выравнивания басов. Поскольку я хочу сравнивать разных людей, мне нужно открыть 2 и

2зной

2ответ

используя htsjdk определенных классов от Jython или заводной

Я пытаюсь методы доступа, предоставляемых htsjdk.j здесь: https://samtools.github.io/htsjdk/ и документированное здесь: https://samtools.github.io/htsjdk/javadoc/htsjdk/index.html с помощью Jython. Мн

4зной

1ответ

В биоинформатике, что такое синглтон?

Я быстро понял, что биоинформатика не является предметом, который четко определяет свои термины и легко доступен. У меня есть явное несоответствие с некоторыми из моих результатов. Я использовал samto