etetoolkit

1зной

1ответ

Как преобразовать дерево, нарисованное с помощью ete2 в формат Newick?

Я нарисовал дерево в python, используя команды ete2 Tree(), .add_child(), .add_sister() и так далее. Есть ли способ преобразовать это дерево в соответствующий формат Newick?

python tree phylogeny etetoolkit 2016-06-29

---

2зной

1ответ

ETE2 - Один детский узел с несколькими родителями?

Я пытаюсь создать дерево, используя модуль ETE2 в Python. Я хотел бы добавить 1 дочерний узел к двум родительским узлам, чтобы они оба подключались к дочернему при отображении дерева. Я полный новичок

python tree phylogeny etetoolkit 2015-07-23

---

3зной

1ответ

Преобразование матрицы расстояний в формат Newick

Моя конечная цель - сделать сюжет, который объединяет тепловую карту и филогенетическое дерево. Я выполнил Heatmap, и я также нашел пакет ETE2 в BioPython, который мог бы помочь мне объединить два тип

python heatmap biopython etetoolkit 2014-02-04

---

2зной

1ответ

Как изменить шрифт ориентации на узле этикеток с ETE Toolkit (Python)

Я хотел бы изменить ориентацию шрифта стоит на выходном изображении, который производится ETE Toolkit: http://etetoolkit.org Для некоторых вращения причины и изменение ориентации не влияет на метки, к

python tree visualization hierarchical-data etetoolkit 2016-02-22

---

0зной

1ответ

Сохраните путь от листьев до корня с помощью ete2

У меня есть большое дерево, где я хочу получить для каждого листового узла путь (все узлы) до корня. Я пытаюсь сделать это с помощью ete2, но дерево настолько велико и кажется слишком медленным. Может

python etetoolkit 2014-10-14

---

2зной

1ответ

Как передать переменное имя файла на python ete?

Я пытаюсь нагрузки Newick строку из файла, используя следующий код: filename = templist[1].lower().replace(" ","") + ".nwk" tt = Tree(filename, format=1) но получаю следующее сообщение об ошибке: t

python variables tree etetoolkit 2015-06-20

---