fasta

2зной

1ответ

Переупорядочить последовательности в формате файла FASTA по длине?

Какой алгоритм следует использовать для перестановки последовательностей FASTA в порядок длин (сначала самый короткий)? Нужно сортировать последовательности в порядке длины, но со всей отображаемой ин

ruby sorting bioinformatics sequences fasta 2013-08-12

---

0зной

1ответ

экстракт FASTA последовательность вложенных множеств

У меня есть файл FASTA с несколькими последовательностями, как это: > AT1G01250.1 | Symbols: | Integrase-type DNA-binding superfamily protein MSPQRMKLSSPPVTNNEPTATASAVKSCGGGGKETSSSTTRHPVYHGVRKRRWGKWV

perl bioinformatics fasta 2013-10-03

---

1зной

2ответ

Как разобрать файл FASTA с помощью kseq.h

Я давно знаю об этой библиотеке от Heng Li, но я не пытался использовать ее до сих пор, главным образом потому, что до сих пор python был достаточно быстрым для меня. Вот ссылка на заголовок: http://l

c bioinformatics fasta 2013-10-15

---

2зной

1ответ

Как искать и изолировать атрибуты форматированного текста FASTA в R

У меня есть форматированный файл FASTA, который по существу является специальным текстовым файлом, содержащим много записей, один из которых выглядит ниже, который я присвоил именем «FASTA» "в R. Исхо

regex r attributes grep fasta 2013-08-29

---

0зной

4ответ

Нарезного FASTA файл

Помогите мне, У меня есть файл Fasta Я хочу, чтобы применить некоторые операции по it.I предположит, что мой файл содержит 500 последовательности, и for i=1 to 500 я хочу взять три последовательности

python fasta 2013-07-27

---

0зной

1ответ

написать таблицу в «for loop» (R)

У меня есть много последовательностей в текстовом файле. Я импортирую эти последовательности, используя функцию «read.fasta». Я использую «для цикла» для создания таблицы нуклеотидов для каждой послед

r bioinformatics sequences fasta 2013-07-28

---

1зной

2ответ

Как использовать matchpattern(), чтобы найти определенную аминокислоту в файле со многими последовательностями (.fasta) в R

У меня есть файл (mydata.txt), который содержит много exon-последовательностей с форматом fasta. Я хочу найти начало ('atg') и остановить ('taa', 'tga', 'tag') кодоны для каждой последовательности ДНК

r bioinformatics fasta bioconductor 2013-07-28

---

0зной

2ответ

найти последовательность в файле с разделителями без табуляции

Сегодня я снова столкнулся с проблемой. У меня есть файл выглядит как: файл А >chr1 ACGACTGACTGTCGATCGATCGATGCTCGATGCTCGACGATCGTGCTCGATC >chr2 GTGACGCACACGTGCTAGCGCTGATCGATCGTAGCTCAGTCAG >chr3 CA

python fasta 2013-07-31

---

3зной

1ответ

Ошибка Clojure - превышен верхний предел GC

Я пытаюсь случайным образом опробовать большой файл FASTQ и записать его в стандартную версию. Я продолжаю получать ошибки «превышения верхнего предела GC», и я не уверен, что я делаю неправильно. Я п

clojure garbage-collection large-files fasta 2013-10-01

---

0зной

1ответ

как подсчитать количество конкретных символов в каждой строке из файла?

Я пытаюсь подсчитать количество «N-й в FASTA файл, который: >Header AGGTTGGNNNTNNGNNTNGN >Header2 AGNNNNNNNGNNGNNGNNGN так в конце концов, я хочу, чтобы получить счетчик числа» N, и каждый заголо

perl fasta 2013-08-20

---