fasta

1зной

5ответ

fasta: удалить последовательности после n длины

У меня есть несколько файлов fasta с 1000 секциями в каждом файле разной длины. Я хотел бы сохранить только первые 200 (n) оснований из каждой последовательности. Как я могу это сделать в Perl?

1зной

5ответ

извлечение последовательности fasta на основе позиции

Я новичок в perl. Все еще учусь. У меня есть файл в формате fasta. Я хотел бы извлечь последовательности, охватывающие определенную позицию. Так, например, от позиции 200 до 300 >Contig[0001] TGCATCA

0зной

3ответ

Как я могу вставить несколько новых символов линии в файл с помощью python?

У меня есть файл fasta, который не содержит символов возврата. Файл выглядит примерно так: >Sequence_ID(Num1)AAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTAAAAA>Seqence_ID(Num2)AAAAAAATTTTTTTAAAATTTAATTTAATTATTAT>Sequenc

1зной

1ответ

Анализ файла последовательности fasta для получения заголовка и последовательности в Python

Мне нужно сделать общий синтаксический анализатор для разбора файлов fasta с использованием Python. Формат как: >gi|348686675|gb|JH159151.1| Phytophthora sojae unplaced genomic scaffold PHYSOscaffold_

1зной

1ответ

Как выполнить несколько модификаций для нескольких строк в файле и вывести их в новый файл

Я новичок в программировании pythong и имею файл fasta, который я бы хотел проанализировать для использования в конкретном программном обеспечении. Файл содержит две строки: 1) идентификатор последова

0зной

1ответ

Согласование 2 строк из 2 файлов с соответствующими строками

Я все еще новичок в Unix, но я очень хочу его изучить .. У меня есть 2 файла, некоторые строки имеют подстроки, некоторые из них связаны друг с другом, я хотел бы объединить эти строки в один линий, о

0зной

2ответ

соответствие заголовка в файле Fasta и наречения новыми именами

у меня есть Fasta файл с различными заголовками, как это .. >Ar000001 >Ar000002 >Ar000003 и так далее .. Теперь я хотел бы изменить имена на что-то вроде этого >Ar000001 => >Bra000001 >Ar000002 =