fasta

3зной

1ответ

Создание базы данных взрыва от FASTA в Python

Как это сделать? Я использую Biopython и уже видел руководство. Конечно, я могу сделать blastdb из FASTA с помощью «makeblastdb» в автономном NCBI BLAST +, но я хочу весь процесс в одной программе. Ка

python biopython fasta blast 2012-02-18

---

9зной

4ответ

Эффективные методы буферизации и сканирования файлов для больших файлов в python

Описание проблемы, с которой я сталкиваюсь, немного сложнее, и я буду ошибаться на стороне предоставления более полной информации. Для нетерпеливого, здесь кратчайший способ я могу резюмировать: Что с

python performance io bioinformatics fasta 2011-01-26

---

2зной

3ответ

Добавить несколько последовательностей из файла FASTA в список в python

Я пытаюсь организовать файл с несколькими последовательностями. При этом я пытаюсь добавить имена в список и добавить последовательности в отдельный список, который параллелен списку имен. Я понял, ка

python list append sequence fasta 2012-03-04

---

3зной

3ответ

Последовательность биннинга с помощью содержимого GC

Я хотел бы «bin» (разделить на отдельные файлы) файл последовательности с несколькими точками нуклеотидов (например, прогон Roche-454 ~ 500 000 считывает среднюю длину чтения 250 бит). Я хотел бы, что

bioinformatics sequences fasta 2010-12-15

---

5зной

3ответ

Использование realloc для расширения буфера при чтении из файлов сбоев

Я пишу код, который должен читать fasta files, поэтому часть моего кода (см. Ниже) является парсером fasta. Поскольку одна последовательность может охватывать несколько строк в формате fasta, мне нужн

c realloc fasta 2012-01-23

---

1зной

3ответ

Использование файла .fasta для вычисления относительного содержания последовательностей

Итак, я являюсь «нубом», которым я являюсь, будучи недавно введенным в программирование через Perl, я все еще привык ко всему этому. У меня есть файл .fasta, который я должен использовать, хотя я не у

perl sequence frequency fasta 2012-03-15

---

2зной

1ответ

Чтение последовательностей .fasta для извлечения нуклеотидных данных, а затем запись в файл с разделителями TabDelimited

Прежде чем продолжить, я подумал, что буду отсылать читателей к моим предыдущим проблемам с Perl, будучи новичком ко всему этому. Это были мои посты за последние несколько дней, в хронологическом поря

perl bioinformatics base sequences fasta 2012-03-17

---