vegan

2зной

1ответ

У меня есть результаты с PC1 и PC2 для всех образцов, так что я могу нарисовать график рассеяния с использованием PC1 при х и PC2, как у. Теперь образцы помечены другой переменной, допустим, type, ука

0зной

1ответ

«metaMDS» может делать как PCoA, так и NMDS?

Я учусь, как делать PCoA, но когда я тестирую metaMDS, результат будет другим. NMDS<-metaMDS(eurodist) plot(NMDS) NMDS<-metaMDS(as.dist(eurodist)) plot(NMDS$points) http://www.davidzeleny.net/an

1зной

1ответ

Как создать функцию цикла с помощью «adonis»?

data(dune) data(dune.env) results<-list() for (i in colnames(dune.env)){ results[[i]]<- adonis(dune ~ i, data=dune.env, permutations=99) } Когда я тестирую каждое имя в colnames(dune.

0зной

1ответ

Создание видов Накопительные кривой с другим форматом

Я в настоящее время работаю на dataframe, который выглядит следующим образом: data.frame(Plot_ID=c(1,1,1,1,1,2,2,2,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,4,4,4), Species=c("a","a","a","b","b","c","c","b","b","b"

0зной

1ответ

Экологические векторы к графику CCA в вегане (R)

Я выполняю ограниченную ординацию в пакете vegan с использованием функции CCA. У меня есть матрица видового состава на разных участках и соответствующая экологическая матрица. invertcca<-cca(invert.re

0зной

1ответ

R vegan simper analysis: изменить матрицу расстояний

Я использую простой анализ из пакета Vegan, чтобы определить, какая аминокислота отвечает за изменение состава белка между различными образцами. Как я понял из этого discussion, функция simper() испол

1зной

1ответ

Разница между функциями dist в r

Я хочу рассчитать индексы различий на двоичной матрице и нашел несколько функций в R, но я не могу заставить их согласиться. Я использую коэффициент jaccard в качестве примера в четырех функциях: vegd

1зной

1ответ

Анализ PRC с парными наблюдениями в vegan

Это сообщение является копией сообщения, которое я написал в R-Forge. Я хотел бы вычислить анализ кривых основных ответов на мои данные. У меня есть несколько пар участков, где олени просматривают рас