bioperl

1зной

2ответ

поиск последовательности в геноме с несоответствием

У меня есть файл fastq с более чем 100 миллионов просмотров в нем и последовательности генома 10000 длиной я хочу, чтобы вынуть последовательности из файла fastq и поиск в геноме последовательность с

python perl awk biopython bioperl 2013-05-02

---

1зной

1ответ

Как загрузить весь файл GenBank только с номером входа?

У меня есть массив с номерами доступа, и мне интересно, есть ли способ автоматически сохранять файлы genbank с помощью BioPerl. Я знаю, что вы можете захватить информацию о последовательности, но мне

perl bioinformatics bioperl 2013-05-06

---

0зной

1ответ

вывести последовательность из genbank formt

Этот код работал правильно, но теперь он жалуется, изменилась структура genbank? #!/usr/bin/perl -w #use strinct ; u

perl bioinformatics bioperl genbank 2013-06-26

---

0зной

1ответ

Как читать опорную строку (начать с RN, RT, RA, RC, RX, RP, RL) и распечатать все

Привет всем, У меня возникла проблема с модулем Perl, поскольку я использую этот модуль для получения некоторых конкретных строки образуют плоский файл, содержащий несколько наборов информации, как я

perl bioinformatics bioperl 2013-07-05

---

0зной

1ответ

BioPerl с clustalw - выводящий файл

У меня есть скрипт perl для автоматизации множества множественных выравниваний (сначала я создаю скрипт с одним файлом и одним несколькими выравниваниями), но я могу изменить для нескольких файлов), и

perl file-io bioperl 2013-05-23

---

0зной

1ответ

Perl API Error: Bareword «SQL_INTEGER» не допускается в то время как «строгие подлодки» в использовании

Я пытаюсь подключиться к Ensembl API, используя следующий Perl кода: #!/bin/perl use Bio::EnsEMBL::Registry; use DBI qw(:sql_types); my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry'; $r

perl api cpan dbi bioperl 2013-10-24

---

0зной

1ответ

bioperl пакет Bio :: Дерево :: Дерево не может найти метод объекта as_text

Я пытаюсь использовать as_text метод из Bio::Tree::Tree я получаю сообщение: can't locate object method as_text via package Bio::Tree::Tree Я использую пример here Обратите внимание, что я пробовал др

perl tree packages bioperl 2013-09-04

---

1зной

1ответ

Прочитайте файл fasta fasta и разделите прочитанную строку на Arginine (R), а затем взрывайте пептиды, чтобы получить спички?

У меня есть следующий Fasta файл: '>gi|277456704|dbj|ID_P|Gene name LLL MDGFAGSLDDSISAASTSDVQDRLSALESRVQQQEDEITVLKAALADVLRRLAISEDHVASVKKSVSSKV YRRKHQELQAMQMELQSPEYKLSKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPR

split bioinformatics biopython fasta bioperl 2013-06-07

---