genbank

0зной

1ответ

Получить номера доступа из NCBI из соответствующих номеров GI в заголовках fasta в python

Я продолжаю видеть предупреждения в Genbank о том, что они отказываются от номеров GI и сохраняют несколько файлов fasta, где я редактировал заголовки в следующем формате: >SomeText_ginumber Я понят

python fasta ncbi genbank 2016-09-13

---

1зной

1ответ

socket.gaierror при загрузке файлов genbank w/biopython

Я хочу загрузить файлы genbank из NCBI с помощью Biopython и списка номеров доступа (обратите внимание, что я вызываю скрипт с адресом электронной почты в качестве аргумента, например, python scriptNa

python biopython ncbi genbank 2015-12-01

---

1зной

1ответ

Улучшить добавление функции genbank

Я пытаюсь добавить более 70000 новых функций в файл genbank с использованием biopython. У меня есть этот код: from Bio import SeqIO from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation fi = "myor

performance biopython genbank 2015-07-08

---

1зной

1ответ

Преобразование файлов между форматом .fasta и .genbank

Мне нужно создать две функции, которые должны позволить мне открыть файлы .genbank и преобразовать их в файл .fasta и наоборот. Что у меня на данный момент есть: def Convert(file, file1) handle_i

python fasta genbank 2015-10-16

---

0зной

1ответ

Awk double-slash record separator

Я пытаюсь отделить RECORDS файла на основе строки «//». То, что я попытался это: awk -v RS="//" '{ print "******************************************\n\n"$0 }' myFile.gb Где «******» и т.д., это прос

bash awk genbank 2016-03-23

---

0зной

1ответ

Как отредактировать и сохранить последовательность файла genbank в файл NEW genbank с помощью biopython?

У меня есть файл .gbk, что это неправильно, и у меня есть список исправлений, которые следуют формату «Адрес Nuclotide: правильно нуклеотид» 1:T 2:C 4:A 63:A 324:G etc... Я знаю, как открыть и

python biopython genbank 2016-04-07

---