biopython

0зной

1ответ

При попытке создания списков атомов CA я получаю следующую ошибку «ключевая ошибка« ЦС »при выполнении следующего кода

Для следующего кода при выполнении кода я получаю сообщение об ошибке, которое я перечислял ниже. Мне было интересно, может ли кто-нибудь дать мне представление о том, как добавить атомы CA в теги tag

0зной

1ответ

Как определить кодирующую структуру гена в BioPython

Я использую BioPython для циклического открытия открытых кадров чтения в файле GenBank. Более конкретно, я рассматриваю функции, которые аннотируются как «CDS» в GenBank. Так что мой код типа: from Bi

0зной

1ответ

Biopython for Loop IndexError

Я получаю «IndexError: list out out range» при вводе этого кода. Кроме того, retmax устанавливается в 614, потому что это общее количество результатов, когда я делаю запрос. Есть ли способ сделать ret

0зной

1ответ

Как использовать идентификатор Bioproject, например PRJNA12997, в биопитоне?

У меня есть файл Excel, в котором указаны более 2000 организмов, где каждый из них имеет идентификатор Bioproject ID (например, PRJNA12997). Идея состоит в том, чтобы использовать эти идентификаторы д

2зной

2ответ

Как извлечь абстракцию из efetch (Biopython, Entrez)?

Я новичок в python и хотел бы извлечь тезисы из pubmed, используя систему entrez из биопакета. Я получил запрос, чтобы дать мне мои UID (хранящиеся в my_list_ges), и я также могу загрузить запись, исп

0зной

2ответ

Сепаратор нуклеотидов в выравнивании парной последовательности био-питон

У меня есть последовательности РНК, которые содержат различные модифицированные нуклеотиды и остатки. Некоторые из них, например, N79, 8XU, SDG, I. Я хочу, чтобы их выровнять поровну с использованием