ncbi

0зной

1ответ

Получить номера доступа из NCBI из соответствующих номеров GI в заголовках fasta в python

Я продолжаю видеть предупреждения в Genbank о том, что они отказываются от номеров GI и сохраняют несколько файлов fasta, где я редактировал заголовки в следующем формате: >SomeText_ginumber Я понят

python fasta ncbi genbank 2016-09-13

---

2зной

2ответ

Ошибка при использовании NCBIWWW из biopython

Я пытаюсь взорвать нуклеотидную последовательность, используя NCBIWWW from Bio.Blast import NCBIWWW my_query = "TGCGTGCCGTGCAATGTGCGT" result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", my_query) blast

python biopython blast ncbi 2016-11-15

---

0зной

2ответ

Получает ли efetch() eOffice Bio.Entrez все метаданные статьи PubMed?

Интересно, извлекает ли Bio.Entrezefetch() все метаданные статьи PubMed, учитывая PMID в качестве входных данных. По всем метаданным я имею в виду, имеет ли PubMed больше метаданных, чем то, что извле

python biopython ncbi pubmed 2016-06-27

---

4зной

2ответ

Сортировка результатов поиска из rentrez по релевантности

Я ищу PubMed, используя rentrez пакет в R и хотел бы, чтобы результаты отсортированы по релевантности. В настоящее время они сортируются по дате публикации. library(rentrez) query = 'regression to t

r sorting ncbi pubmed rentrez 2016-07-04

---

1зной

1ответ

Как я могу возвращать соответствующие последовательности белка fasta из ncbi из нескольких номеров доступа в python?

У меня возникли трудности с загрузкой последовательности fasta для множественных номеров доступа в текстовом файле с использованием скрипта python. Я могу сделать это КИ для одного номера например: im

python biopython fasta ncbi 2016-05-18

---

1зной

3ответ

Вставить некоторые элементы смешанного вектора

У меня есть вектор с условиями, за которыми может следовать ноль или более квалификаторов, начиная с «/». Первый элемент всегда должен быть термином. mesh <- c("Animals", "/physiology" , "/metabolism*

r ncbi 2016-07-14

---