biopython

1зной

1ответ

Я пытаюсь добавить более 70000 новых функций в файл genbank с использованием biopython. У меня есть этот код: from Bio import SeqIO from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation fi = "myor

0зной

1ответ

Код Python для поиска стоп-кодонов в последовательности

Я пытаюсь найти местоположение стоп-кодонов в последовательности. К сожалению, что-то не работает. Это код, который я создал: def findStopCodons1(orf): catch = numpy.arange(0, len(orf), 3) x = [] w

2зной

1ответ

Изменение идентификатора записи в файл FASTA с помощью BioPython

У меня есть следующий FASTA файл, original.fasta: >foo GCTCACACATAGTTGATGCAGATGTTGAATTCACTATGAGGTGGGAGGATGTAGGGCCA Мне нужно изменить идентификатор записи из foo в bar, поэтому я написал следующий

2зной

1ответ

Можно ли преобразовать объект Tree в Biopython в формат Newick?

Я использовал treecluster Bio.Cluster, который приводит к объекту Tree. Я собираю матрицу экспрессии генов. Я хочу простой способ пройти это дерево и добавить дополнительные функции (дополнительная ин

2зной

2ответ

Установка Biopython: ImportError: нет модуля с именем Bio

пытается установить Biopython на Fedora 21, Python 2.7. Я сделал следующее [[email protected] Downloads](17:32)$ sudo pip2.7 install biopython You are using pip version 6.1.1, however version 7.1.0 i

0зной

2ответ

Python находит самый длинный ORF в последовательности ДНК

Может ли кто-нибудь показать мне прямое решение о том, как вычислить самую длинную открытую рамку считывания (ORF) в последовательности ДНК? ATG является стартовым кодоном (то есть началом ORF) и TAG,