biopython

-1зной

1ответ

BioPython: обработка сырых RNAseq-считываний (фильтрация качества и обрезка)

У меня есть необработанный файл fastq.gz, который я пытаюсь предварительно обработать с помощью Biopython перед выравниванием. В конечном итоге я хотел бы удалить показания низкого качества, обрезать

0зной

1ответ

Как отредактировать и сохранить последовательность файла genbank в файл NEW genbank с помощью biopython?

У меня есть файл .gbk, что это неправильно, и у меня есть список исправлений, которые следуют формату «Адрес Nuclotide: правильно нуклеотид» 1:T 2:C 4:A 63:A 324:G etc... Я знаю, как открыть и

0зной

1ответ

Как создать список объектов многоцелевой выравнивания в Biopython?

Вероятно, простой вопрос, но мне трудно создать простой список объектов MultipleSeqAlignment. from Bio import AlignIO import Bio.Align #Read multi-aligned fasta file alignment = AlignIO.read(sys.a

0зной

1ответ

Phyloxml: найти и заменить в файле

Я пытаюсь редактировать метки меток в файле phyloxml, так что они состоят всего из 4 цифр. Например, то, что я сейчас называю в файле phyloxml, - это идентификаторы слева. То, что я хочу, являются иде

1зной

1ответ

Python: Как вывести заголовок FASTA или показатель индекса хромосомы в соответствии с местоположением?

У меня есть код, который помогает мне перемещать окно размером 5, когда оно перемещается слева направо. Файл находится в формате fasta с заголовком> хромосомой, например, с индексом хромосомы. Я хотел

1зной

2ответ

Анализ xml-файла в python, который содержит результат multifasta BLAST

Я пытаюсь разобрать xml-файл, содержащий результат multifasta BLAST. Вот link - это около 400 КБ. Программа должна возвращать четыре имени последовательности. Каждый следующий результат должен быть пе

2зной

1ответ

Поиск заголовков в базе данных medline с entrez и biopython

Я пытаюсь найти документы со специальными словами в названии. Точнее, слово вирусный или вирус в работах, опубликованных в период между 2010 и 2015 Вот код у меня есть: import re from Bio import Medl