biopython

0зной

1ответ

Как записать обратно в файл PDB после выполнения Superimposer для атомов белка в PDB.BIO python

Я прочитал и извлек информацию о атомах из файла PDB и сделал Superimposer(), чтобы выровнять мутацию с диким типом. Как я могу записать выровненные значения атомов обратно в файл PDB? Я пытался испол

0зной

1ответ

Biopython PDB экстракт координат (х, у, г) и значение б данных, если значение б> 10 && <50

from Bio import PDB pdb1 = PDB.PDBList() pdb1.retrieve_pdb_file("1CRK") #downloads the .pdb file from the internet parser = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1) structure = parser.get_structure("1CRK",r'C:

0зной

1ответ

PyCharm Mac Biopython installation

Я новичок в PyCharm и использую его как общую IDE для python. Моя проблема заключается в том, что когда я запускаю свой код в PyCharm, он не видит BioPython. Он говорит: Traceback (most recent call la

1зной

2ответ

Извлеките последовательность dna по функции из файла genbank

У меня есть файлы genbank, состоящие из нескольких аннотированных коннигов. То, что я хотел бы сделать, это разделить это на базу данных, в которой есть отдельные записи генов, содержащие каждую функц

0зной

1ответ

Biopython + File IO operation - TypeError: ожидается объект символьного буфера

Я попытался прочитать файл FASTA с помощью Biopython и записать его еще раз в другой файл, прежде чем выполнять фактическую обработку последовательности. w.write('Length of the Ref Seq: '+ ref_seq + '

2зной

1ответ

Дробеструйное удаление из biopython

Я пытаюсь удаленно взорвать около 70 200-nt последовательностей, используя Biopython. Я много часов пытался выяснить, почему следующий скрипт Python не будет работать. Я могу заставить его работать дл

2зной

1ответ

Biopython - Big Расхождение Расчет РНК Температура плавления над Литературы

я испытываю большие расхождения при расчете температуры плавления из РНК 7-меров с Biopython над значениями, порожденных популярным алгоритмом. Я пробовал алгоритм ближайшего соседа с концентрациями Р

0зной

1ответ

Biopython перевод() ошибка

У меня есть файл, который выглядит так: Type Variant_class ACC_NUM dbsnp genomic_coordinates_hg18 genomic_coordinates_hg19 HGVS_cdna HGVS_protein gene disease sequence_context_hg18 sequence_context_hg