biopython

1зной

1ответ

Как извлечь короткую последовательность на основе размера шага?

Приведенный ниже код извлекает короткую последовательность в каждой последовательности с размером окна 100. Окно будет сдвигаться по шагу по размеру один и извлекать последовательность. Я хотел бы изв

2зной

2ответ

выбор чтения с Хэмминга нулевое расстояние

У меня есть файлы fastq, скажем reads.fastq. У меня есть список строк 7-mer. Для каждого чтения в reads.fastq, я хочу проверить, содержит ли он хотя бы одну из строк 7-mer в списке. Условие заключаетс

0зной

1ответ

получение записей, отличных от двух файлов fastq

У меня есть 2 файла fastq F1.fastq и F2.fastq. F2.fastq - это файл меньшего размера, который является подмножеством чтений из F1.fastq. Я хочу читать в F1.fastq, которые НЕ находятся в F2.fastq. Следу

1зной

1ответ

Использование Biopython SeqIO.convert по всему каталогу

У меня есть 51 файл с метагеномными данными последовательности, которые я бы хотел преобразовать из fastq в fasta, используя скрипт Biopython в Windows. Модуль SeqIO.convert легко преобразует индивиду

0зной

2ответ

Python 2.7 - Определить острова патогенности - рассчитать содержание GC по всем разделам строки

Я пытаюсь написать функцию, которая смотрит на сегмент более длинной строки, вычисляет содержимое GC, а затем перемещается по следующему сегменту и т. Д. , У меня уже есть функция, которая вычисляет с

1зной

1ответ

Имеет ли класс DSSP биопитона значение относительной растворимости аминокислот?

Я хотел бы иметь относительные доступность растворителей аминокислот в белке, в настоящее время, используя модуль DSSP биопитона. Я не уверен, что выход имеет rsa (относительная доступность растворите