biopython

1зной

1ответ

str.maketrans доступен в интерактивном python, но не в скрипте python?

Код, который я пишу, должен найти все открытые рамки считывания (orfs) генетической последовательности в прямой и обратной цепочках ДНК. Чтобы сделать обратную цепь ДНК, я намеревался использовать str

python python-3.x bioinformatics python-3.3 biopython 2015-05-06

---

-2зной

2ответ

Использование Python для удаления повторяющихся последовательностей белка

Я пытаюсь написать сценарий для удаления повторяющихся аминокислотных последовательностей из файла, содержащего семь отдельных записей Genbank (после работы я хочу применить сценарий к файлам, содержа

python sequence biopython 2015-05-07

---

0зной

3ответ

Извлечение последовательностей РНК UTR из базы данных

Я пытаюсь получить определенные последовательности РНК UTR из базы данных. Из базы данных я получил .dat файл, в котором каждая РНК УТРА представлены с помощью записи, как это: ID 5MMUR018955; SV 1;

python bioinformatics biopython 2015-05-11

---

3зной

1ответ

Преобразование FASTA в GenBank

Есть ли способ использовать BioPython для преобразования файлов FASTA в формат Genbank? Есть много ответов о том, как конвертировать из Genbank в FASTA, но не наоборот.

biopython fasta genbank 2015-05-12

---

2зной

1ответ

biopython только возвращает первые функции из любой базы данных

Любая идея, почему этот код: handle = Entrez.efetch(db="nuccore", id=['556503834'], rettype="gb", retmode="txt") print(handle.read()) не возвращает полный набор функций, которые найдены

python biopython 2015-05-12

---

1зной

1ответ

Как Биопитон определяет корень филогенетического дерева?

Есть другие пакеты, в частности ape для R, которые строят дерево без корня, а затем разрешают его root explicitly specifying an outgroup. Напротив, в BioPython я могу напрямую создать корневое дерево

bioinformatics biopython dna-sequence phylogeny sequence-alignment 2015-05-14

---

1зной

1ответ

Python: Как распечатать последовательности с длиной n из скользящего окна в файл FASTA?

У меня есть файл fasta с несколькими последовательностями, и я хотел бы выполнить раздвижные окна размером окна 5 и извлекать последовательности всякий раз, когда он просматривает последовательность.

python python-2.7 python-3.x biopython fasta 2015-05-19

---

1зной

1ответ

Зачем устанавливать пакет и модуль не в Python?

Я хочу установить модуль Biopython. Поэтому я использовал команду sudo apt-get install python-biopython. Это устанавливает пакет . Теперь, если я нахожу import Bio в Python, компилятор не может найти

python module package biopython 2015-05-20

---