fasta

0зной

1ответ

Переименуйте файлы FASTA с частью их первой строки

Я хотел бы переименовать некоторые файлы генома FASTA, используя некоторую информацию первой строки, но я не могу понять это. Вот пример, два файла: GCA_000007365.1_ASM736v1_genomic.fna: >AE013218.1 B

bash fasta 2016-10-26

---

2зной

2ответ

Как получить количество несвязанных вставок и пробелов в последовательности в Python?

Я пытаюсь получить количество вставок и зазоров, содержащихся в последовательности последовательностей, относительно ссылки, с которой они были выровнены; поэтому все последовательности имеют одинаков

python bioinformatics biopython fasta 2016-09-21

---

0зной

3ответ

объединения нескольких файлов в одной строке в Linux

У меня есть 3 Fasta файлы, такие как следующие >file_1_head haszhaskjkjkjkfaiezqbsga >file_1_body loizztzezzqieovbahsgzqwqoiropoqiwoioioiweoitwwerweuiruwieurhcabccjashdja >file_1_tail mnnbasnbd

awk concatenation fasta 2016-11-14

---

-1зной

1ответ

Добавление опции sed для нечувствительности к регистру и замена строки символа в файле FASTA

Я хочу создать файл, в котором я могу искать и находить шаблон, который нужно изменить в файле Fasta. Команда ниже создает .sh сценарий со всей картины, что он должен соответствовать и изменения: tail

bash unix sed fasta 2016-11-14

---

0зной

2ответ

Изменить последовательность SeqIds в файле с несколькими строками fasta

У меня есть файл multipa fasta, и мне нужно изменить идентификаторы моей последовательности. Так что теперь мой файл FASTA выглядит следующим образом: >Mafalda01_2759;barcodelabel=CAR1_01 TACGTAGGGGG

rename fasta 2016-10-19

---

0зной

2ответ

Как получить все записи fasta, содержащие любой список строк в заголовке

Мне нужен скрипт, который может извлекать все записи fasta из файла, который содержит любой список строк в заголовке. Так что, если у меня был список в один файл, например так: 2.A.1.13.5 3.A.1.208.2

python string search biopython fasta 2016-11-02

---