fasta

0зной

1ответ

Grep -A1 -f возвращает больше результатов, чем он должен

Это моя проблема: У меня есть Fasta файл с генетическими данными, как так (my.fasta): >TR1|c0_g1_i1 GTCGAGCATGGTCTTGGTCATCT >TR2|c0_g1_i1 AAGCAGTGCAGAAGAACTGGCGAA... У меня также есть список имен

bash command-line grep fasta 2016-03-25

---

0зной

1ответ

Как перевести несколько последовательностей fasta?

Итак, у меня есть файл FASTA с несколькими последовательностями, которые мне нужно перевести (кДНК, поэтому мне не нужно искать стартовый кодон). Я могу немного почистить его и заставить его распечаты

bioinformatics fasta 2016-03-29

---

0зной

3ответ

Python - функция, которая считывает содержимое файла и создает новый файл с содержимым в верхнем регистре

Извините заранее, если это уже было задано, но я потратил часы на поиск ответов на это. Я новый ученик Python (3.5.1, Windows 10), и моя задача - написать функцию, которая читает содержимое файла Fast

python formatting filenames uppercase fasta 2016-04-07

---

0зной

1ответ

Если альтернативный нуклеотид приводит к missense мутации

Я пытаюсь сравнить большие данные последовательности с SNP и без них и отметить snps как несинонимичные или синонима. У меня есть .fasta последовательность и .bim файл из PLNIK с консервативной (рефер

r sequence fasta 2016-04-13

---

1зной

1ответ

Python: Как вывести заголовок FASTA или показатель индекса хромосомы в соответствии с местоположением?

У меня есть код, который помогает мне перемещать окно размером 5, когда оно перемещается слева направо. Файл находится в формате fasta с заголовком> хромосомой, например, с индексом хромосомы. Я хотел

python loops bioinformatics biopython fasta 2016-04-15

---

0зной

1ответ

изменение FASTA заголовки содержат счета данные

У меня есть файл с несколькими рядами так: фг-000001 ATGGATGACCGATGCTAGC 34 23 33 45 34 23 34 35 34 35 56 47 я бы чтобы преобразовать его просто FASTA файл с суммой информации счета вместе с именем в

unix header fasta 2016-03-11

---

0зной

1ответ

Python-Extract длинная последовательность из файла Fasta Fasta?

Я видел, что у этого вопроса уже есть ответы в другом месте, но это связано с использованием Biopython. Я не хочу включать дополнительные библиотеки, так как это замедлит мою реализацию. Может ли кто-

python bioinformatics fasta 2016-03-11

---