ncbi

0зной

1ответ

Как использовать идентификатор Bioproject, например PRJNA12997, в биопитоне?

У меня есть файл Excel, в котором указаны более 2000 организмов, где каждый из них имеет идентификатор Bioproject ID (например, PRJNA12997). Идея состоит в том, чтобы использовать эти идентификаторы д

0зной

2ответ

Как получить доступ к значениям под-узлов (дочерних) с разными именами в файле XML?

Я пытаюсь разобрать xmlValue определенных дочерних узлов из файла XML-файла NCBI. Но для некоторых PM.IDs Root node <PubmedArticleSet> имеет разную информацию w.r.t pubmed records, PubmedBookArticle и

0зной

2ответ

Загрузка нескольких файлов fasta из ncbi

Я пытаюсь загрузить все файлы fasta, связанные с одним организмом, из ncbi. Я попытался wget -r -l3 -A "*.fna.gz" ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Microcystis_aeruginosa/, чтобы полу

3зной

1ответ

xpathApply: Как передать несколько путей или узлов?

# parse PubMed data library(XML) # xpath library(rentrez) # entrez_fetch pmids <- c("25506969","25032371","24983039","24983034","24983032","24983031","26386083", "26273372","26066373","258

0зной

1ответ

Pubmed DataSet - Подключение FTP с помощью Flute

Для извлечения данных из Pubmed DataSet [ncbi] я использовал FireFTP Addon (в firefox) для извлечения содержимого xml, pdf, txt. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/] Я успешно установил Flags

1зной

1ответ

socket.gaierror при загрузке файлов genbank w/biopython

Я хочу загрузить файлы genbank из NCBI с помощью Biopython и списка номеров доступа (обратите внимание, что я вызываю скрипт с адресом электронной почты в качестве аргумента, например, python scriptNa