protein-database

0зной

1ответ

Matlab: Как выделить остатки GLYCINE на моем участке Рамачандран?

Я пытаюсь использовать Matlab для построения графика ramachandran без использования встроенной команды. Мне тоже удалось. Теперь я хотел определить GLYCINE только в массиве рассеяния. Есть идеи, как э

arrays matlab bioinformatics protein-database 2014-10-10

---

0зной

2ответ

Хотите вытащить название журнала с страницы RCSB с помощью python & BeautifulSoup

Я пытаюсь получить конкретную информацию об исходном цитирующем документе в Белом банке данных, учитывая только 4-буквенный PDBID белка. Для этого я использую запросы библиотек python и BeautifulSoup.

python python-2.7 beautifulsoup python-requests protein-database 2014-10-15

---

0зной

2ответ

Извлечение последовательностей ДНК из базы данных последовательностей белка?

У меня есть 1000 последовательностей белка в FASTA и их номера доступа. Я хочу вернуться во всю базу данных дробовика генома и получить все последовательности ДНК, которые кодируют белок, идентичный о

bioinformatics fasta genome protein-database 2014-12-05

---

1зной

2ответ

Извлечь столбцы из банка данных с белками (PDB) Текстовый файл

Я хочу сделать график с Matplotlib в Python и, следовательно, прочитать некоторые данные из PDB-файла (банка данных о белках). Я хочу извлечь каждый столбец из файла и сохранить эти столбцы в отдельны

python file protein-database 2015-03-18

---

1зной

1ответ

Имеет ли класс DSSP биопитона значение относительной растворимости аминокислот?

Я хотел бы иметь относительные доступность растворителей аминокислот в белке, в настоящее время, используя модуль DSSP биопитона. Я не уверен, что выход имеет rsa (относительная доступность растворите

biopython protein-database 2015-06-30

---

1зной

2ответ

Заменить текст с помощью awk и sed на каждые 2-3-4 строки для файла pdb

У меня есть текстовый файл pdb с около 200 000 строк. Каждые строки выглядит следующим образом: COMPND SOURCE HETATM 1 CT 100 1 -23.207 17.632 14.543 HETATM 2 CT 99 1 -22.069 18.353 15.280 HE

linux awk sed protein-database 2015-05-14

---

0зной

1ответ

BioPython: Размер остатков отличается от позиции

В настоящее время я работаю с набором данных PDB, и меня интересуют размеры остатков (количество атомов на остаток). Я понял, что количество атомов - len (остаток.child_list) - отличается от остатков

bioinformatics biopython protein-database 2015-03-27

---

1зной

1ответ

BLAST: не blastpgp производит выходной файл, не зная, если используется пометка база данных правильно

Вопрос 1: Я бегу следующее: blast-2.2.26/bin/blastpgp -i protein.fasta -j 5 -o file -d nr где protein.fasta находится файл Fasta, содержащий один белковой последовательности. Это не приводит к выход

bioinformatics blast protein-database 2015-05-19

---